Nuestro seminario, desde su fundación en 1978, hasta el día de hoy,  ha contado con la presencia de 7 rectores:

1. Monseñor Mario Teófilo Giraldo Zuluaga (1978 - 1992)

2. Monseñor Julio Hernando García Peláez (1992 - 2002)

3. Monseñor Luis Albeiro Cortez Rendón (2002 - 2003)

4. Padre Darío Valencia Uribe (2003 - 2010)

5. Padre Jhon Dalffer Salazar González (2010 - 2011)

6. Padre Hugo Cardona Salazar (2012 - 2014)

7. Padre Rubén Darío Jaramillo (2015 - )